No hay manera que entre en conflicto. De hecho así lo afirmo el propio Mikao Usui, fundador de este sistema, al no asociar a Reiki ninguna religión, ni siquiera con la que el profesaba en ese momento.
Cuando se practica Reiki, el practicante declara conexión con su Divinidad, cualquiera sea esta. La única recomendación es que te conectes con la energía de la mayor vibración, la luz más pura del Universo, que corresponde a Dios, independientemente de tus creencias y valores.